Сюжет балета схож с русской народной сказкой «Царевна-лягушка». Отличие в том, что действие перенесено в Китай, а главная героиня – не Лягушка, а Лилия.

В день своего 70-летия великий мандарин Пемин-Чунг решает найти жен трем своим сыновьям. Для этого он раздает им по луку и велит стрелять в трех направлениях. Там, где упадут их стрелы, они должны искать себе невест. Младший, Лин-Чунг, приводит молодую китайскую девушку редкой красоты по имени Фан-Сун. Стрела Пин-Чунга, среднего сына, падает к ногам прекрасной баядерки Фатьмы. Ган-Чунг, старший сын, находит свою стрелу на болоте воткнутой в стебель прелестной лилии. Сорвав цветок со стрелою, он обнаруживает в руках грациозную фею Юфеи. Конец балета трагичен: влюбленная в Ган-Чунга Сиуман уничтожает корень цветка, в котором заключена жизнь Юфеи, а старший сын Пемин-Чунга закалывается кинжалом.

«Лилия» – первый балет, поставленный Артуром Сен-Леоном специально для балерины Адели Гранцовой. Спектакль представлял собой пышную феерию со множеством танцев и декоративных эффектов.